大司命赠天明混元珠 扶苏自刎
荆天明跟随东巡的秦军，找到了大司命，要求大司命想办法救治高月。大司命猜到高月正被玉珪力量蚀体，故意问起荆天明看着心爱之人被折磨是何种滋味。想当初，小司命为救荆天明离开咸阳城，不幸陨命林中。大司命当时感受到了前所未有的痛苦，对荆天明的心情感同身受。
东皇太一进入营账与云中君议事，大司命领命退走。荆天明藏在布帘里面，听到东皇太一与云中君谈起驾崩的秦始皇。
护送秦始皇的车队在车上放了大量生鱼，掩盖住秦始皇尸体的臭味，云中君担心尸臭味越来越浓，车队还未返回咸阳宫，秦兵们便闻到了尸臭味。
荆天明没有料到自己听到的是秦始皇驾崩的秘密，立时陷入到深深的震惊中。东皇太一与云中君离开营账，大司命走了进来，送了一颗混元珠给荆天明，叮嘱荆天明把混元珠系挂在高月的脖子上，混元珠虽然无法治愈高月，但可以抵挡高月体内的玉珪之力。
扶苏派几个亲信找到东皇太一，意图查看父亲秦始皇是否健在。东皇太一为了隐瞒秦始皇身亡的秘密，派出杀手杀掉了扶苏的几个亲信。
荆天明离开秦军营地，在路上遇到扶苏的几个受伤严重的亲信，其中一人口吐鲜血，叮嘱荆天明把秦始皇身亡的秘密转告给扶苏。
荆天明还未返回扶苏身边，东皇太一派出特使携带假圣旨，当先一步前往扶苏驻地，念读假圣旨，宣布扶苏与蒙恬给秦始皇陪葬。蒙恬对秦朝忠心耿耿，对假圣旨的可信度产生怀疑，扶苏检查假圣旨，发现上面盖着玉玺印章，由此足以说明是秦始皇写的圣旨。扶苏还不知道是东皇太一从中做梗，改写了圣旨。
特使迫不及待欲处决扶苏，盖聂出手杀掉了特使，其余特使闻讯而至，与蒙恬一方拼杀起来。扶苏心疼父亲建立的江山即将分裂，为了平息叛乱，甘愿拔剑自刎。
扶苏死后，蒙恬进京找东皇太一理论，中了东皇太一的奸计，死于非命。
扶苏十四岁的儿子子婴入京回宫，因父亲身亡，子婴神智失常疯疯癫癫，东皇太一几经试探，深信子婴并非装疯卖傻，于是决定任由子婴疯癫下去。
盖聂心情失落缅怀身亡的扶苏，他身为扶苏的友人，却没有能力救其于危难中。
秦时明月第46集剧情介绍胡亥施行暴政 秦朝各地出现起义军
扶苏自刎身亡，胡亥如愿以偿接替父亲秦始皇的皇位，自封秦二世。
东皇太一为了帮助胡亥巩固统治权力，决定想方设法除掉秦始皇的所有子嗣及亲信。
盖聂因扶苏身亡，万念俱灰，产生了避世而居的想法。端木蓉求之不得，提议与盖聂一起隐居。盖聂其实只是希望端木蓉独自一人隐居，端木蓉因盖聂不愿意一起隐居，勃然大怒煽了盖聂一个耳光。因众人不肯放弃与秦朝为敌，端木蓉赌气收拾行囊，在众人的注视下骑马绝尘而去。
盖聂将墨家弟子们召集到一起，商量墨家日后的计划，因扶苏已经身亡，墨家弟子们失去了目标，不知何去何从，盖聂提议众人稍安勿燥，等待时机侍机而动。
东皇太一利用胡亥的权力胡作非为，杀光了秦始皇的子女，包括蒙恬的亲戚。凡是有可能威胁到胡亥皇位的人，没有一个人有逃脱东皇太一的魔爪。
胡亥继位之后，在东皇太一的扶持下施行暴政。公元209年夏，农民出身的陈胜和吴广揭杆起义，开创了秦末轰轰烈烈的农民起义浪潮。一度销声匿迹的项羽在卫庄的扶持下羽翼渐丰，网络了一批人马，成为称霸一方的西楚霸王。
秦朝即将走到尽头，大司命求之不得，巴不得东皇太一自取灭亡，只要东皇太一失势，大司命才有机会为小司命报仇。
秦朝各地相继有反军起义，掀起大小不一的反抗浪朝，项羽跃跃欲试，在叔伯项梁建议下打算屈居在郡守大人身边，借郡守大人扩张项氏一族的反秦力量。
卫庄不赞成项羽再次低三下四寄人篱下，当初项羽寄居在墨家门下就是最惨痛的教训，卫庄希望项羽独立自主组建人马。项羽与项梁一番舍计，叔侄两人找到郡守大人，谎称找到了项羽的下落。项羽是秦朝通辑的楚国后裔，郡守大人从未见过项羽，不知道站在眼前的人就是项羽。
项羽与项梁交换了一个眼神，举剑杀掉了郡守大人，夺取了郡守大人统治的会稽城，迅速扩大势力，带领项氏一族攻城掠地，战无不胜，攻无不克，成为反军中最负声威的起义军，招降了许多著名反军将领。
卫庄对项羽的征战能力非常满意，要求项羽屠杀所有投降的俘虏，项羽虽然杀戮成性，却存有一丝善念，反对卫庄通过屠城的方式树立威信。(本站原创剧情，转载请注明出处!)
